教學部每年聘請國內外各領域翹楚的內、外科教授駐院指導。
2002年，升格為醫學中心後，教學部經過2004年草創階段，於2005年8月1日正式設立。教學部於是承擔起慈濟醫院作為東部唯一一家醫學中心以及後送醫院，在「教」與「學」的栽培、奠基、提升和卓越的任務上，更有重大的責任。
教學部推動臨床醫學教育外，也是慈濟大學醫學院主要實習教學醫院。除督導各科部各級醫師、學生、學員的教學訓練工作，並設置師資培育中心、臨床技能中心、標準化病人中心、中醫臨床教學中心、大體手術教學中心。
成立各種臨床課程教學功能小組，協助臨床醫學教育的規劃與推動，建立以學生為中心的優質教學醫學中心，並培養出具有慈濟醫療人文的醫師與醫事人員。
師資人才培育 教與學同步並進
花蓮慈院擁有二百多位主治醫師，百分之六十具備部定教職，為提升師資及教學品質，鼓勵院內教師專業成長培訓服務，設立師資培育中心，綜理醫護藥技各領域師資的培育。
2009年3月，成立一般醫學內科示範中心，整合內科師資、護理人員、藥師、營養師、社工、復健師、志工等，並落實以病人為中心的醫療照護。原有師資除了經常被票選為優良臨床教師或教學醫院教學費用補助計畫優良教師外，更進一步每年聘請國內外各領域翹楚的張步良、徐達雄、倪雨珠、黃水坤、王正一、楊思標、連倚南等內科、外科教授駐院授課及指導。
為了在老中青不同世代的醫療經驗上可以傳承，更能實際嘉惠臨床、激盪出更多的火花與進步，教學部同時積極推動住診教學，每個月約執行一百八十次的住診、床邊教學，不但嘉惠年輕醫師，進一步專門開設「住診教學師資培育暨認證工作坊」，提供已經是指導老師的資深主治醫師進修、教學相長、充實知能的機會，持續拓展醫療品質與醫學教育，落實醫學教育除了臨床教學外，最重要的典範傳承。
臨床技能訓練及評估中心 承擔東部考訓重任
為了加強臨床技能及團隊合作，教學部成立後不久即成立臨床技能訓練中心，2009年，臨床技能中心再度引進最新型的高級模擬生理假人iStan，內建至少十四種急症和情境，更確實的展示臨床表徵，支援各種操作與處置，極適合用在急重症的醫學練習上，對急重症的教育提供了極大的助益。
2016年，再引進模擬生產教具。醫學生們可藉由這個教具，從孕婦懷孕到生產的產前檢查、待產、生產、傷口縫合、產後檢查等每個階段的過程，都可以提早實際模擬，進一步了解極重隱私同時也非常需要實際經驗和技術訓練的婦產科。
客觀結構式臨床測試 專業與人文並重
臨床技能中心最備受矚目的，即是臨床技能訓練OSCE(Objective Structured Clinical Examination)——客觀結構式臨床測試。這是為了訓練及厚植醫事人員實力，在實習醫學生及住院醫師、護理、藥師檢測能力都可以使用的技能訓練。
2007年，臨床技能中心改善OSCE，以團隊合作的模式，首創GOSCE「團隊式客觀結構式臨床測試」(Group Objective Structured Clinical Examination)，並以此訓練醫學生。2008年10月16日，本院實習醫學生代表臺灣首次參加「上海交通大學醫學院醫學生專業技能大賽」，憑著扎實的訓練和實力從兩岸醫學生中脫穎而出，獲得第一名的佳績。本院也因為設備師資軟硬體的完善，受醫策會指定，成為全國僅八家進行第一年住院醫師(PGY1)的OSCE後測醫院之一。
2010年3月，在以學生學習為中心的訓練目標下，在大愛樓七樓進一步規畫出獨立空間與設備，成立了「臨床技能訓練及評估中心」。由於實習醫學生在單獨面對實際病人的時候都會緊張因而忽略了許多重要的溝通或診察，透過OSCE的測試，讓醫學生提前經歷緊張羞澀的過渡期，真正的培育出專業與人文並重的良醫人醫，真正面對病人的時候，就能確實的應用臨床技巧去幫助病人。
2011年4月23日，臺灣醫學教育史舉辦第一屆「客觀結構式臨床測驗」(OSCE)模擬考試，共一千零五十六位考生接受模擬測試。2013年，OSCE正式列入國家考試，醫學生在成為醫師前必須先通過 OSCE，才有資格報名第二階段的國考。2013年4月26日，臺灣醫學教育史上首屆「客觀結構式臨床技能(OSCE)」測驗正式登場。這項創舉在全臺二十三處考場共同舉辦，本院的「臨床技能訓練及評估中心」是東臺灣的唯一考場。
OSCE的實際測試，運用範圍越來越廣，除了實習醫學生，慈濟大學第一屆學士後中醫醫學生以及專科護理師，也都利用臨床技能訓練及評估中心進行能力的檢定。
從病人身上學得最真實 推動標準化病人資料庫
為了讓臨床技能訓練更逼真、仿真而紮實有效，2006年起，教學部廣邀慈濟志工接受演技課程訓練，開始訓練標準化病人；於同年3月12日進行第一梯次的訓練，並同時訓練「標準家屬」、「客觀評分員」等。緊接著從花蓮開始到全臺，都有志工投入訓練成為專業的標準化病人，並持續擴充資源。
2008年2月13日，花蓮慈院「標準化病人中心」正式揭牌啟用。標準化病人
的應用，對於醫學教育以及護理、藥師、司法官等的影響超乎想像。花蓮地方
法院檢查署第四十七期的五位學習司法官就曾到本院接受醫事相關訓練。
標準化病人中心除推動及改善標準化病人訓練計畫、協助培育標準化病人訓練師資訓練、標準化病人之外，也推動標準化病人的研究及各類相關學術活動，並協助建立標準化病人專業人力資料庫，提供各醫院、醫學院申請應用。因為未來，學生的臨床學習重心將會從書本轉移到真正的病人身上，也因為醫學生會逐漸了解，唯有從病人及家屬的互動中，才能學到真實的臨床情境及技巧。
2013年9月，標準化病人中心主持人高聖博醫師匯集歷年來的心血與經驗，出版《精通標準化病人》一書，從本院標準化病人緣起、如何召募、訓練到實際教案分享皆收錄其中，除了可做為初次接觸標準化病人領域讀者的入門書之外，也可以當作標準化病人及訓練者的參考書籍。
大體手術實際演練 鍛鍊良醫智仁勇
在基礎的學理、臨床技能、醫病溝通以及教學相長之後，大體手術教學中心則提供醫學生和年輕醫師最真實的實作經驗與成果驗收。大體手術教學中心和慈際大學模擬醫學中心合作，每年均由老師帶著學生從大體老師的家訪開始，一直到完成手術、送靈以及後續與家屬的互動和追思，串連成一系列醫學訓練和醫療情懷養成的過程，最後並以「給無語良師的一封信」徵文比賽，除了表揚前三名的學生，也希望更了解醫學生在學習過程的心得與啟發。
目前，大體手術教學除了提供老師帶領指導醫學生操作各種術式，也提供資深醫師或教師進行高階模擬手術的演練，更推廣至各醫學會，包括泌尿科、耳鼻喉科、骨科、整形外科、口腔顎面外科、胸腔及心臟血管外科、增生療法⋯⋯等，都可藉由大體模擬手術進行醫療的實作、熟練和進階及研究。
從奠定基礎開始，到架設鷹架後陸續成型、再層層穩固的往上架設堆疊，到最後構築出獨一無二兼具軟硬體實力的成品；教學就像建築一樣，規畫格局、不辭
細處、環環相扣並各方配合；建築的目的在成為與環境共生息兼具功能及地景的藝術，醫學教育則不僅僅在培植尊重生命、視病猶親的全人良醫，更是十年樹木、百年樹人的使命，最重要我們也看到醫學專業與人文的傳承，昔日醫學生，今日教師，代代相傳，為守護生命的使命精進向前。
