2009年，整合家庭醫學科、社區健康中心、預防醫學中心等單位完備社區醫學部，並增設行政組，於2010年全面推動健康促進醫院計畫取得認證，讓院內同仁、社區居民從個人健康促進、職場健康促進，延伸到社區健康營造，結合教育及環境的支持，從事有益健康的行動及生活方式。
最早，慈院在1990年成立公共衛生室，這是社區健康中心的前身。在門診日早上，配合精采的圖片介紹衛教常識，二十六年來，不曾改變，如今為了提升衛教效果，除了把衛教場地改在大廳，同時每週一至三的衛教時間改在上午十一點，亦即大廳聚集最多人的時候。
專業護理 搏得病人與家屬安心
公衛室在1992年開始與衛生署合作出院計畫服務，因此延伸的居家護理與家訪，成了公衛護理師的工作重點。這主要是針對在急性期治療告一段落後的病人，由醫師、護理師、治療師、營養師共同組成醫療小組，評估病情、生活功能、依賴程度及出院後需要的照護，進而培養病人生活自理的能力及家屬的照護技能。本院也是臺灣最早施行的四家醫院之一。
因為家訪需求，公衛護理師需具備四大能力，一、不畏惡劣天氣，二、不怕被狗追，三、是會找路，會找資源，四、是建立人際關係。特別是在衛星導航不普及的年代，如何深入社區，找路、識路是很重要的基本功。護理長林金蘭指出，剛開始他們騎機車做家訪，但若遇雨天，行走崎嶇山路，非常危險，因此證嚴上人體恤她們的辛勞，添購兩輛公衛專車。
公衛室2002年7月更名為社區健康中心，運用社區護理專業促進並維護社區居民的健康，確保病人出院回歸社區的後續醫療服務，並提升居家自我健康照護能力與生活品質，節省醫療浪費，以達到全民健康的目標，提供全人、全程、全家、全隊、全社區的完整性服務。
2010年元旦第一天，社區醫學部便結合吉安鄉公所的元旦升旗典禮暨騎單車、路跑、健行等活動，在鄉公所廣場設健康諮詢站，提供鄉親免費的健康諮詢、骨質密度檢測、口腔癌篩檢等服務，落實宣導預防醫學觀念。這幾年來，社區醫學部團隊結合社團、村里社區，走遍花蓮各社區，已綻放美麗的成果。
活躍老化 社區長者動起來
在「中老年健康及活躍老化」計畫中，為了解社區長者健康行為、健康狀況、生活品質與醫療資源使用，進而以社區長者福氣站中六十五歲以上長者進行前後測比較，除了透過長者功能性體適能檢測兩個社區的差異性之外，同時以小組討論方式導讀「芬蘭活躍老化、不老騎士、青春啦啦隊」等故事，讓長者體認樂齡生活與運動習慣的重要性，以發展個人健康技巧及正確運動保健觀念。在2013年獲健康促進醫院創意計畫老人健康類「優等獎」。
之後，針對偏鄉醫療資源分布不均問題，建立「花東偏遠地區視力保健巡迴車服務模式」。首先調查花蓮地區非山地鄉長者糖尿病視網膜病變的盛行率與其相關危險因子的探討，並依據研究成果，訂立社區預防模式，配合社區資源運用，使長者能對糖尿病視網膜病變及其他糖尿病之合併症有早期診斷、早期治療之預防概念，加強如何自我健康管理，以降低花蓮地區長者糖尿病視網膜病變機率。在2015年「看見偏鄉的光明-長者健康視力篩檢計畫」榮獲健康促進醫院創意計畫健康平權類 「優等獎」。
部落扎根 遠離檳菸酒
在菸品及檳榔等健康危害防制方面，針對偏鄉部落推廣拒檳觀念，與秀林鄉重光部落合作推動「重光部落健康促進：拒檳減量六部曲」的具體行動方案，透過部落牧師創作《遠離檳榔．菸．酒之歌》、錄製太魯閣族語戒檳衛教影片及戒檳班，來導入「檳榔不入口、文化仍可守」的文化，製作《部落戒檳衛教記錄片》，延續拒檳理念。定期召開專家會議，培訓戒檳師資和志工來進行職場戒檳班，戒檳率達百分之五十七點八九。另外也開發「戒檳專家知識庫網站」，創造戒檳團隊交流平台，期望從預防醫學與健康促進的角度，有效推廣戒除嚼食檳榔。在2011年戒檳班種籽教師培訓計畫中，獲戒檳班開設成果績優。2013年「找回遺失的微笑-營造無檳部落與戒檳推動」成果，榮獲國民健康署健康促進醫院創意計畫──健康平權類「特優獎」。
無菸醫院 難行能行
2012年3月起，進行二代戒菸治療服務，成立「無菸醫院推動委員會」及菸害推動工作小組，配合相關策略，推動無菸醫院及提供戒菸服務，2012年至2013年度服務人次成長八倍。目前平均每月戒菸門診達四十二人次。
透過辦理多場次菸害宣導講座及活動、無菸環境建置與勸導和進行健康知識數位媒體傳播，提升民眾菸害知能及戒菸意願，以促進職場與社區居民健康。今年更在世界無菸日前，廣邀花蓮縣小學生參加「無菸校園創意聯想繪圖比賽」，吸引近千位小學生參賽。
社區醫學部同時積極推廣住院戒菸服務，應用計畫行為理論模式探討戒菸態度、主觀規範與知識行為控制等三個主要變項於預測住院病人的戒菸行為意圖，並針對有意戒菸者進行戒菸衛教，期望使吸菸病人能自主性的產生戒菸行為，同時也提升院內同仁更加重視無菸政策。
健康傳播 無遠弗屆
在健康傳播方面，運用數位多媒體方式進行健康知識傳播，於2015年創立IHealth享健康-健康促進平台」，提供創意衛教圖文及動畫影片，透過社群媒體力量(如臉書、YouTube)進行推廣，至今已帶來超過五十萬的瀏覽次數，讓社區居民持續關心健康議題。
為讓衛教內容豐富多元且富有創新性，本院進行多次跨國合作，製作符合當地特色的多國語言衛教動畫，如肺結核和狂犬病等議題，已成功分享給加拿大、菲律賓與布吉納法索等國家使用。
為保障原住民族群的健康權益，同時也錄製原住民語的衛教動畫，推廣偏鄉部落健康促進，並運用在校園菸檳酒危害防制兒童劇中，期望透過有趣的衛教動畫，將正確的健康觀念從小扎根，預防及降低未來的疾病發生率。
「IHealth享健康-健康促進平台」於2015年，榮獲國民健康署「健康促進雲端加值應用評選表揚活動」佳作。
2013年，「全面啟動無菸醫院服務計畫」榮獲國民健康署「健康促進醫院創意計畫──健康平權類」優等獎；並獲頒「二代戒菸服務-服務王」醫學中心組第五名。
2014年，「探討住院病人戒菸行為之意向研究調查」榮獲國民健康署「健康促進醫院創意計畫──戒菸推廣類」優等獎。
2015年，「戒菸作伙來，健康救回來」榮獲國民健康署「健康促進醫院創意計畫──戒菸推廣類」優等獎。
健康場域營造 院內社區皆精采
在健康場域的營造方面，本院是東部首家透過乳房攝影專車進行乳房攝影服務的醫療院所，自2011年起與衛生局合作推廣進行篩檢，透過醫療專車的便利性、隱私性與專業性，以及在乳房攝影篩檢前提供衛教影片，進而提升婦女願意定期篩檢意願，以減少偏鄉乳癌發生率。2014年「花蓮偏鄉婦女乳房攝影車篩檢健康信念模式之探討」也因而榮獲國民健康署健康促進醫院創意計畫──健康平權類優等獎。
另外，職業安全衛生室每年對同仁健康檢查結果進行異常分析，並提報職業安全衛生委員會討論，以訂定及檢討同仁健康促進計畫，提供同仁多元心理關懷方案及推動各項健康促進活動，包括成立心靈會客室、健康減重班、養生料理廚藝班、同仁健康促進活動、多元化社團活動與建立性騷擾申訴管道⋯⋯等，有效達成同仁壓力指數下降的目標，營造出健康職場。使本院在2012年榮獲國民健康署「績優健康職場-健康促進」領航獎。2014年「捧你在手心，同仁心理健康計畫」，榮獲國民健康署健康促進醫院創意計畫──員工心理健康類「優等獎」。
機構認證
2011年，通過「世界衛生組織健康促進醫院國際網絡會員
──健康促進醫院暨服務機構」認證。
2011年，高齡友善健康照護機構認證。
2012年，全球無菸健康照護服務網絡認證──金獎。
2014年，推動整合性社區健康照護
──提升花蓮偏鄉健康平權，獲SNQ國家品質標章。
2014年，高齡友善健康照護機構認證優良獎。
2015年，再度通過「世界衛生組織健康促進醫院國際網絡會員
──健康促進醫院暨服務機構」認證。
